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广西大学新万博体育正版APP下载信息技术研究生论坛(三十一)

时间:2022年11月13日 08:46点击数:

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信息技术研究生论坛

报告题目:STgcor : A Distribution-based Correlation Measurement Method for Spatial Transcriptome Data

报告人:庞力源时间:20221115日(星期二)9:20-9:40

地点:线上会议Zoom链接https://us02web.zoom.us/j/9370443564

报告简介:空间转录组技术可以提供组织样本中不同区域的转录谱,同时保留点的位置信息。由于空间转录组数据存在异常值和稀疏性,皮尔逊相关系数和斯皮尔曼相关系数等典型相关系数难以应用于空间转录组数据。在本研究中,我们通过观察基因对表达值的分布,提出了一种新的空间转录组数据的基因相关性测量方法,称为STgcor。为了验证STgcor的有效性,我们将STgcor和其他两个相关系数应用于加权共表达网络分析方法,对10x genomics发表的两个空间转录组数据集(包括乳腺癌数据集和前列腺癌数据集)进行分析。根据从相应基因共表达网络中识别的基因模块对它们进行评估。结果表明,STgcor结合加权基因共表达网络分析方法可以发现与癌症相关的特殊基因模块和一些通路。


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